Liko et son nouvel ami Rhod, un jeune garçon dont le rêve est de devenir Dresseur Pokémon, font équipe pour retrouver Chochodile, mais les Explorateurs attaquent soudainement l'équipage du Brave d'Oliville. Alors que les héros combattent avec détermination, le pendentif de Liko et la Poké Ball ancienne de Rhod se mettent simultanément à briller, laissant apparaître un allié de taille...
En s'inscrivant à l'Académie Indigo de Jadielle, dans la région de Kanto, Liko n'imaginait pas un instant qu'elle finirait par voyager à bord du Brave d'Oliville, le dirigeable des Electacleurs Volants. En compagnie de l'équipage et bien décidée à retrouver Poussacha, la Dresseuse se lance à la poursuite des Explorateurs, les bandits qui ont kidnappé son premier partenaire Pokémon...
Maintenant membre des Electacleurs Volants, Liko s'intègre chaque jour un peu plus à l'équipage. Mais aujourd'hui, les imprévus chamboulent la journée : le dirigeable doit s'arrêter sur une île pour des réparations et Chochodile, un Pokémon Croco Feu, est introuvable ! La jeune fille et Poussacha se lancent à sa recherche, loin de se douter qu'elles vont faire une rencontre surprenante...
Liko et Rhod sont occupés à faire pousser de nouveaux arbres pour restaurer la forêt calcinée d'Arboliva lorsque le pendentif de la jeune fille s'illumine à nouveau. L'Aventurier du passé, un mystérieux Dresseur possédant un Rayquaza noir, leur délivre un message énigmatique. C'est décidé, les deux héros vont retrouver sa trace à tout prix !