La vie n'est pas rose pour Punpun. À la maison, ses parents se disputent souvent, les adultes de son entourage sont tous névrosés, et la fille qu'il aime vient de déménager. Heureusement, une nouvelle élève arrive à l'école. Elle s'appelle Aiko, et Punpun en tombe fou amoureux dès le premier regard. Mais, avec sa timidité, il ne va pas être facile d'attirer son regard, sans compter que son père est envoyé en prison et que son oncle Yuichi vient vivre avec lui...
Punpun et ses amis sont allés dans l'ancienne usine indiquée dans la cassette. Le lieu est, dit-on, hanté par le fantôme de l'ancien directeur de l'usine. Alors que les enfants explorent l'usine à la recherche de la récompense promise dans la vidéo, ils aperçoivent une mystérieuse silhouette. Quel drame est donc, à leur insu en train de se jouer ? Punpun n'a-t-il pas fait une erreur en autorisant Aiko à venir avec eux ?
Deux ans ont passé depuis qu'Aiko a rejeté Punpun. Ses amis et lui ont grandi. Le père de Seki est toujours alcoolique, Shimizu est toujours autant dans la lune, et l'oncle Yuichi voit toujours le médium. Alors que Shimizu et Seki resserrent leurs liens, Punpun, lui, voit Aiko lui échapper de plus en plus..
Punpun Onodera, après diverses péripéties et avoir avoué ses sentiments amoureux qui suivent des variations difficilement explicables, a choisi de renoncer à l'élue de son coeur, Aiko Tanaka. Deux ans ont passé et Punpun se rend au collège pour voir l'affichage des résultats aux examens d'entrée au lycée.
Punpun a intégré le prestigieux lycée de son quartier. Alors qu'il se faisait une joie d'aller à son rendez-vous amoureux avec Kanie, une fille de sa classe, il s'est disputé avec sa mère, qui lui a demandé de ne pas rentrer ce soir. C'est le flou total dans l'été des 15 ans de Punpun.
La mère de Punpun vient de mourir. Les confessions qu'elle livre à son fils dans sa dernière lettre, loin d'être réconfortantes, pourraient bien briser le fragile Punpun. Face à son avenir et au retour d'un inconnu, celui-ci prend des décisions radicales. Mais sont-elles bien surprenantes, venant d'un jeune homme désespérément en quête de lui-même ?
Lors d'une soirée alcoolisée, Punpun rencontre Sashi. Cette illustratrice de livres pour enfants entre dès lors dans sa vie quand Punpun cherche toujours Aiko. Entre pulsion et amitié naissante, Punpun continu son apprentissage de lui-même...
Pour Punpun et Sashi, l'heure du verdict approche avec leur rendez-vous chez l'éditeur. L'occasion d'un profond débat sur le manga, alors que Shiki et Shimizu essayent de continuer de mener leur vie en dépit des réminiscences du passé. En parallèle, le représentant de la secte Pegasus, Toshiki Hoshikawa se présente comme candidat au poste de gouverneur de Tokyo. Quel sens donner aux évènements de la vie ?
Les quatre soeurs passent leur deuxième automne ensemble. Ces derniers temps, Suzu s'intéresse à Fûta, qui fait partie de son équipe de football. Un jour, alors qu'ils sont à une fête dans un temple, ils font la connaissance d'un couple inattendu...
Aiko est recherchée par la police suite à la découverte du corps de sa mère, assassinée. Sa relation avec Punpun est toujours plus compliquée, et leurs sentiments contradictoires sont source de conflit. Ensemble, ils doivent surmonter de nouveaux obstacles et leur situation, tant sociale qu’amoureuse, empire. Jusqu’où iront-ils dans leur fuite ? À quel point se démarqueront-ils de la société ? En fuyant, ils se retrouveront eux-mêmes, et leurs propres limites.
Punpun Onodera, collégien ordinaire, fait un match insensé avec un senior du club de badminton pour ravir le coeur d'Aiko qu'il aime unilatéralement. Dans le même temps, son oncle Yûichi a commencé à raconter son passé à Midori Ookuma, une jeune fille qui lui plaît.